1996. - 2005.

U travnju 1996., uvodi se potpuno novi model, Škoda Octavia. Tri godine kasnije dolazi Škoda Fabia, a 2001. nova luksuzna limuzina više srednje klase, Škoda Superb. Grade se proizvodni pogoni u Rusiji, Kini i Indiji.

1996.

U Mladoj Boleslavi s proizvodne linije silazi milijunto Škoda vozilo od osnivanja dioničkog društva s VW koncernom. Uvodi se model Škoda Octavia. Ova druga proizvodna serija marke otvara put za uspjeh poduzeća u budućnosti.

1998.

Po prvi put, Škoda proizvodi više od 400.000 vozila godišnje, a ona se izvoze u 70 zemalja. 

1999.

Škoda ulazi u kategoriju motosporta, svjetsko prvenstvo u reliju (WRC). Na sajmu automobila u Frankfurtu, predstavljena je potpuno nova Škoda Fabia, a godinu dana kasnije nadopunjena je modelom Fabia Combi.

2000.

Škoda u Mladoj Boleslavi osniva prvo sveučilište kojim upravlja tvrtka u Češkoj Republici: Škoda Auto sveučilište.

2001.

Škoda Octavia RS je do sada najbrže serijsko vozilo marke. Pod tradicionalnim nazivom Superb, Škoda predstavlja novi luksuzni model i odgovara povijesnoj proizvodnoj serija viših klasa od 1934. do 1949. U Aurangabadu, Indija, Škoda otvara svoju prvu tvornicu izvan Europe.

2003.

Premijera modela Fabia WRC na sajmu automobila u Ženevi.